Sudah lama sekali saya tidak mendengar soal CodeIgniter, tapi masalah error 404 Not Found yang dilaporkan mas Ryuuu membuat saya agak nostalgia. Haha. 😀 Saat membaca pertanyaannya saya cuma terpikir, ini pasti ada urusannya dengan rewrite rule Nginx karena urlnya tidak ditemukan.

Setahu saya kita perlu menambahkan kode ini pada konfigurasi virtual host Nginx:

location / {
                try_files $uri $uri/ /index.php;
        }

Pastikan dalam konfigurasi CI-nya juga sudah sesuai:

nano /system/application/config/config.php

Adaptasikan saja:

$config['base_url'] = "http://nama_domain.com/";
$config['index_page']       = "";
$config['uri_protocol']     = "REQUEST_URI";

Setelah itu restart Nginx.